Điều 16. Áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế, khoản thu khác

Cơ quan thuế phân loại người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế theo quy định tại Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15, văn bản hướng dẫn thi hành Luật và các văn bản pháp luật khác có liên quan. Đối với phân loại rủi ro người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế, căn cứ kết quả phân loại tại Điều 13 Thông tư này và các thông tin nghiệp vụ tại thời điểm ban hành Quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế áp dụng các biện pháp phù hợp trong giải quyết, xử lý hồ sơ hoàn thuế như sau:

1. Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng.

a) Rủi ro cao:

a.1) Thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau (trừ trường hợp quy định tại điểm a.2 Khoản này).

a.2) Trường hợp người nộp thuế có hồ sơ đề nghị hoàn được phân loại rủi ro cao bởi cùng một (01) hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau trong trường hợp kết quả kỳ kiểm tra hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn và không thuộc diện rủi ro cao thuộc nhóm tiêu chí chấm điểm khác.

b) Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:

b.1) Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện được rủi ro.

Trên cơ sở các quy định pháp luật thuế, hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế và thông tin do cơ quan thuế quản lý tại Cơ sở dữ liệu, Phân hệ quản lý tuân thủ và rủi ro thuế xác định và đưa ra số thuế chưa phát hiện được rủi ro theo quy định.

b.2) Đối với số tiền thuế đề nghị hoàn có dấu hiệu rủi ro, cơ quan thuế tạm dừng hoàn thuế để tiến hành thu thập thông tin, rà soát, kiểm tra theo quy định.

Trong thời hạn 02 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện thu thập thông tin, rà soát kiểm tra số thuế tạm dừng hoàn của người nộp thuế và xử lý số thuế tạm dừng hoàn sau rà soát, kiểm tra theo quy định.

Căn cứ nội dung, phạm vi theo đề nghị của cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế, cơ quan thuế quản lý người nộp thuế phát hành hóa đơn có trách nhiệm phối hợp thực hiện trao đổi thông tin hoặc kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế hoặc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định bảo đảm việc trao đổi thông tin kịp thời, đầy đủ và đúng quy định của pháp luật.

b.3) Cục Thuế hướng dẫn cụ thể về: số thuế không rủi ro, số thuế có rủi ro; việc rà soát, kiểm tra số thuế tạm dừng hoàn và việc xử lý số thuế tạm dừng hoàn sau khi rà soát, kiểm tra.

2. Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế khác, khoản thu khác (sau đây gọi là hồ sơ hoàn thuế khác).

a) Rủi ro cao: thực hiện kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

b) Rủi ro trung bình, rủi ro thấp: thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

3. Trường hợp thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế

Sau khi ứng dụng phân loại hồ sơ hoàn thuế, trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cơ quan thuế xử lý hồ sơ hoàn thuế có thông tin được thu thập và rà soát, kiểm tra xác định được hồ sơ của người nộp thuế có dấu hiệu rủi ro cao thì cơ quan thuế thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế đang thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau sang diện hồ sơ kiểm tra trước hoàn thuế sau. Việc phê duyệt thay đổi hình thức phân loại phải được cập nhật vào hệ thống thông tin nghiệp vụ.

4. Kiểm tra sau hoàn thuế

a) Trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trên cơ sở kết quả phân loại mức độ rủi ro từ cao xuống thấp, cụ thể:

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro cao nhưng không thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau quy định tại tiết a.2 điểm a khoản 1 Điều này: Trong thời hạn 01 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế;

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro trung bình: Trong thời hạn 03 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế;

- Đối với người nộp thuế có hồ sơ hoàn thuế rủi ro thấp: Trong thời hạn 05 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế.

Căn cứ tình hình thực tế, yêu cầu quản lý thuế, cơ quan thuế có thể thực hiện kiểm tra sau hoàn thuế trước thời hạn nêu trên.

b) Cục Thuế hướng dẫn cụ thể về kiểm tra sau hoàn thuế, kết hợp với kiểm tra chấp hành pháp luật thuế theo quy định.