Điều 88. Kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế

1. Nguyên tắc kiểm tra thuế thực hiện theo quy định tại khoản 1 Điều 22 Luật Quản lý thuế.

2. Các trường hợp kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, thời hạn kiểm tra được thực hiện theo điểm a và điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế.

3. Địa điểm kiểm tra thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế đối với các trường hợp sau:

a) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với chương trình, dự án ODA viện trợ không hoàn lại do tổ chức được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao thực hiện;

b) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua trong nước bằng nguồn vốn viện trợ không hoàn lại không thuộc hỗ trợ phát triển chính thức của các cơ quan, tổ chức nước ngoài do tổ chức được hưởng ưu đãi miễn trừ ngoại giao thực hiện;

c) Hoàn thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa, dịch vụ mua tại Việt Nam của đối tượng được hưởng quyền ưu đãi miễn trừ ngoại giao;

d) Trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế sau hoặc kiểm tra sau hoàn thuế hoặc kiểm tra miễn thuế, giảm thuế mà người nộp thuế không có trụ sở hoặc cơ quan thuế không thể thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế.

4. Xây dựng, phê duyệt và điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm:

a) Hằng năm, Cục Thuế thực hiện hướng dẫn xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra trong toàn hệ thống cơ quan thuế;

b) Cơ quan thuế các cấp căn cứ hướng dẫn của Cục Thuế thực hiện xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra, cụ thể:

b.1) Cục Thuế ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra cho Thuế tỉnh, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn và Chi cục Thuế thương mại điện tử; phê duyệt kế hoạch, chuyên đề kiểm tra của Cục Thuế, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử và các Thuế tỉnh;

b.2) Thuế tỉnh ban hành Quyết định giao nhiệm vụ kiểm tra cho Thuế cơ sở; phê duyệt kế hoạch, chuyên đề kiểm tra của Thuế cơ sở.

c) Hằng năm, cơ quan thuế tiến hành rà soát điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề kiểm tra đối với các trường hợp:

c.1) Theo yêu cầu của Bộ trưởng Bộ Tài chính hoặc Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên;

c.2) Theo đề xuất của Thủ trưởng cơ quan thuế được giao nhiệm vụ kế hoạch, chuyên đề kiểm tra;

c.3) Xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra: cơ quan thuế khi điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề phải nêu rõ lý do điều chỉnh và báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch, chuyên đề để điều chỉnh.

d) Ngoài việc xây dựng kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm tại điểm b khoản 4 Điều này, trong năm cơ quan thuế các cấp có thể thực hiện xây dựng kế hoạch chuyên đề phát sinh theo yêu cầu của Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp hoặc theo chỉ đạo của cấp trên. Việc xây dựng kế hoạch chuyên đề phải được thực hiện theo nguyên tắc quản lý rủi ro và Thủ trưởng cơ quan thuế cùng cấp phê duyệt, báo cáo cấp trên;

đ) Đối với vụ việc phức tạp, phạm vi rộng có rủi ro cao, có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế cần thực hiện thanh tra thì cơ quan thuế chuyển hồ sơ sang cơ quan thanh tra để kiến nghị thanh tra theo quy định của pháp luật.

5. Việc xử lý trùng lặp trong hoạt động kiểm tra:

a) Trường hợp đối tượng kiểm tra của cơ quan thuế cấp dưới có sự trùng lặp về đối tượng kiểm tra với kế hoạch kiểm tra, thanh tra về thuế của cơ quan thanh tra, Kiểm toán nhà nước, cơ quan thuế cấp trên thì thực hiện theo kế hoạch của cơ quan thanh tra, Kiểm toán nhà nước, cơ quan thuế cấp trên;

b) Đối với các trường hợp trùng lặp về đối tượng thuộc kế hoạch kiểm tra của cơ quan thuế với các cơ quan khác của nhà nước thì Thủ trưởng cơ quan thuế phối hợp với Thủ trưởng cơ quan nhà nước có sự trùng lặp để xử lý và báo cáo cơ quan phê duyệt kế hoạch khi cần thiết.

6. Công khai kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm:

Kế hoạch, chuyên đề kiểm tra hằng năm (kể cả kế hoạch, chuyên đề sau điều chỉnh) phải được công khai trên trang thông tin điện tử của cơ quan thuế hoặc thông báo cho người nộp thuế và cơ quan thuế trực tiếp quản lý người nộp thuế (thông báo bằng văn bản hoặc điện thoại hoặc thư điện tử) chậm nhất là 30 ngày kể từ ngày ban hành quyết định phê duyệt hoặc điều chỉnh kế hoạch, chuyên đề kiểm tra.

7. Trình tự, thủ tục kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế:

a) Ban hành Quyết định kiểm tra thuế:

Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra thuế đối với trường hợp quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Việc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế chỉ được thực hiện khi có quyết định kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định kiểm tra thuế đối với các nội dung và thời kỳ có rủi ro, trừ kiểm tra hoàn thuế. Quyết định kiểm tra thuế lập theo mẫu số 06/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.

Thời hạn kiểm tra được xác định theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Trong trường hợp gia hạn, Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người có thẩm quyền ban hành Quyết định gia hạn theo mẫu số 07/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.

Hồ sơ hoàn thuế thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế thì Quyết định kiểm tra được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo cho người nộp thuế về việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế. Đối với số tiền đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại điểm b.2 khoản 1 Điều 49 Thông tư này thì Quyết định kiểm tra được ban hành chậm nhất 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo về việc chuyển hồ sơ sang diện kiểm tra trước hoàn thuế.

Quyết định kiểm tra thuế phải được gửi cho người nộp thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày ký;

b) Quyết định kiểm tra thuế được công bố trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày ban hành, trừ trường hợp phải bãi bỏ Quyết định kiểm tra thuế quy định tại điểm c khoản này hoặc hoãn thời gian kiểm tra theo quy định tại điểm d khoản này. Trưởng đoàn kiểm tra thuế có trách nhiệm công bố Quyết định kiểm tra thuế, lập Biên bản công bố Quyết định kiểm tra theo mẫu số 08/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này;

c) Quyết định kiểm tra thuế được bãi bỏ trong các trường hợp sau:

c.1) Nội dung và kỳ kiểm tra trùng lặp với Quyết định thanh tra, kiểm tra của các cơ quan nhà nước có thẩm quyền;

c.2) Các cơ quan điều tra, cơ quan thanh tra đang điều tra, thanh tra người nộp thuế;

c.3) Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký kinh doanh;

c.4) Người nộp thuế có văn bản đề nghị hủy hồ sơ hoàn thuế trước khi công bố quyết định kiểm tra;

c.5) Trường hợp đã ban hành Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế đối với người nộp thuế có rủi ro cao thuộc các trường hợp: chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh mà người nộp thuế được cơ quan thuế, cơ quan nhà nước có thẩm quyền chấp thuận về việc không thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh theo quy định của pháp luật trước khi công bố quyết định kiểm tra;

c.6) Trường hợp đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế theo quy định tại điểm đ khoản 3 Điều 87 Thông tư này, nhưng trước khi công bố Quyết định kiểm tra, người nộp thuế cung cấp các tài liệu, giải trình chứng minh được số thuế khai là đúng và nộp đủ số tiền thuế phải nộp.

Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định bãi bỏ Quyết định kiểm tra đối với các trường hợp quy định tại điểm c khoản này theo mẫu số 09/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.

d) Trường hợp đã ban hành quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế quy định tại điểm a khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế, nhưng trước khi công bố Quyết định kiểm tra, người nộp thuế có văn bản đề nghị hoãn thời gian tiến hành kiểm tra mà có lý do chính đáng, thì văn bản phải nêu rõ lý do và thời gian hoãn hoặc trường hợp cơ quan thuế có lý do bất khả kháng hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế thì cơ quan thuế có văn bản thông báo cho người nộp thuế về việc hoãn thời gian tiến hành kiểm tra trước khi công bố quyết định kiểm tra theo mẫu số 10/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.

Trong quá trình kiểm tra, trường hợp có lý do bất khả kháng ảnh hưởng đến tiến độ thực hiện cuộc kiểm tra hoặc tình hình thực tế đoàn kiểm tra phải tập trung thực hiện nhiệm vụ quan trọng, cấp thiết theo yêu cầu của thủ trưởng cơ quan thuế hoặc người nộp thuế đề nghị tạm dừng kiểm tra mà có lý do chính đáng thì Trưởng đoàn kiểm tra báo cáo người ban hành Quyết định kiểm tra để tạm dừng kiểm tra. Thời gian tạm dừng không tính trong thời hạn kiểm tra.

đ) Trường hợp trong quá trình kiểm tra thuế phát sinh việc phải điều chỉnh Quyết định kiểm tra (thay Trưởng đoàn, thành viên hoặc bổ sung thành viên đoàn kiểm tra, bổ sung nội dung, thời kỳ kiểm tra hoặc điều chỉnh giảm thành viên đoàn kiểm tra, nội dung, thời kỳ kiểm tra) thì Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo người có thẩm quyền để ban hành Quyết định điều chỉnh Quyết định kiểm tra. Quyết định điều chỉnh quyết định kiểm tra được thực hiện theo mẫu số 11/KTT, 12/KTT, 13/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.

e) Biên bản kiểm tra thuế

e.1) Kết thúc kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế, Đoàn kiểm tra lập dự thảo Biên bản kiểm tra theo mẫu số 14/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này. Đoàn kiểm tra thực hiện công khai và bàn giao dự thảo Biên bản kiểm tra giữa Đoàn kiểm tra và người nộp thuế. Ý kiến, giải trình của người nộp thuế phải được lưu cùng dự thảo biên bản (nếu có). Biên bản công khai dự thảo Biên bản kiểm tra được lập theo mẫu số 15/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này.

Việc có ý kiến giải trình, hoàn thiện và ký Biên bản kiểm tra giữa Đoàn kiểm tra với người nộp thuế phải được thực hiện trong thời hạn 05 ngày làm việc, kể từ ngày kết thúc kiểm tra. Nếu người nộp thuế vẫn có ý kiến thì được ghi tại Biên bản hoặc lưu cùng Biên bản đã ký. Biên bản kiểm tra phải được Trưởng đoàn kiểm tra và người nộp thuế (hoặc đại diện hợp pháp của người nộp thuế) ký vào từng trang, đóng dấu của người nộp thuế nếu người nộp thuế là tổ chức có con dấu riêng (bao gồm cả dấu riêng, giáp lai giữa các trang của biên bản).

e.2) Trường hợp còn vướng mắc về cơ chế chính sách phải xin ý kiến thì ghi nhận tại biên bản. Khi có văn bản trả lời thì Đoàn kiểm tra hoặc bộ phận kiểm tra chịu trách nhiệm lập phụ lục biên bản với người nộp thuế theo mẫu số 16/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này để xử lý theo quy định của pháp luật.

e.3) Trường hợp người nộp thuế không ký Biên bản kiểm tra khi hết thời hạn theo quy định thì Trưởng đoàn kiểm tra phải lập biên bản vi phạm hành chính về việc không ký biên bản, báo cáo người có thẩm quyền ban hành quyết định xử phạt vi phạm hành chính theo quy định.

e.4) Trường hợp người nộp thuế không ký biên bản kiểm tra, thì biên bản kiểm tra phải có chữ ký của Trưởng đoàn kiểm tra, đại diện chính quyền cấp xã nơi xảy ra vi phạm hoặc của ít nhất một người chứng kiến xác nhận việc người nộp thuế không ký vào biên bản; trường hợp không có chữ ký của đại diện chính quyền cấp xã hoặc của người chứng kiến, thì phải ghi rõ lý do vào biên bản.

g) Xử lý kết quả kiểm tra thuế:

g.1) Chậm nhất 03 ngày làm việc kể từ ngày ký Biên bản kiểm tra với người nộp thuế, Trưởng đoàn kiểm tra phải báo cáo kết quả kiểm tra với lãnh đạo bộ phận kiểm tra và người ban hành quyết định kiểm tra.

Trường hợp kết quả kiểm tra dẫn đến xử lý về thuế, hóa đơn, xử phạt vi phạm hành chính thì Thủ trưởng cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn hoặc kiến nghị người có thẩm quyền xử phạt. Trường hợp kết quả kiểm tra không xử lý về thuế, hóa đơn, xử phạt vi phạm hành chính thì người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Kết luận kiểm tra theo mẫu số 17/KTT Phụ lục IV ban hành kèm theo Thông tư này;

g.2) Trường hợp qua kiểm tra thuế mà phát hiện hành vi vi phạm về thuế có dấu hiệu trốn thuế, gian lận về thuế đến mức phải truy cứu trách nhiệm hình sự thì trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày phát hiện, đoàn kiểm tra có trách nhiệm báo cáo Thủ trưởng cơ quan thuế để xem xét chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra theo quy định của pháp luật.

Trình tự, thủ tục và thời hạn ban hành Quyết định xử lý vi phạm về thuế, hóa đơn, chuyển hồ sơ đến người có thẩm quyền xử phạt thực hiện hoặc chuyển hồ sơ kiểm tra sang cơ quan điều tra thực hiện theo quy định tại Luật Xử lý vi phạm hành chính, Luật tố tụng hình sự, các văn bản hướng dẫn thi hành và Nghị định của Chính phủ về xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn.

h) Việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được ghi nhật ký điện tử.

8. Giám sát Đoàn kiểm tra:

a) Việc giám sát hoạt động Đoàn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện đối với tất cả các Đoàn kiểm tra thuế và thực hiện bằng hình thức người ban hành quyết định kiểm tra tự giám sát hoặc giao giám sát.

Trường hợp người ban hành quyết định kiểm tra thuế tự thực hiện giám sát thì được quy định tại Quyết định kiểm tra. Trường hợp giao giám sát thì người ban hành Quyết định kiểm tra ban hành Quyết định giám sát;

b) Quyết định giám sát được gửi cho Đoàn kiểm tra thuế, người giám sát, đối tượng kiểm tra thuế, các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan và được công bố cùng thời điểm công bố Quyết định kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế;

c) Việc giám sát hoạt động của Đoàn kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế được tiến hành thường xuyên kể từ ngày công bố Quyết định kiểm tra đến ngày kết thúc thời gian kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế và phải tuân thủ theo pháp luật, bảo đảm tính chính xác, khách quan, công khai, dân chủ, kịp thời.

9. Kiểm tra lại trong hoạt động kiểm tra thuế:

a) Các trường hợp kiểm tra lại được thực hiện theo quy định tại điểm a khoản 6 Điều 22 Luật Quản lý thuế;

b) Cục Thuế kiểm tra lại vụ việc của Thuế tỉnh, Chi cục Thuế doanh nghiệp lớn, Chi cục Thuế thương mại điện tử; Thuế tỉnh kiểm tra lại vụ việc của Thuế cơ sở;

c) Thời hạn kiểm tra lại thực hiện theo quy định tại điểm d khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế. Thời hiệu kiểm tra lại là 02 năm kể từ ngày ký kết luận kiểm tra, quyết định về xử lý vi phạm hành chính về quản lý thuế;

d) Nhiệm vụ, quyền hạn của người ban hành quyết định kiểm tra, Trưởng đoàn kiểm tra, thành viên đoàn kiểm tra thực hiện theo quy định tại khoản 5 Điều 22 Luật Quản lý thuế;

đ) Trình tự, thủ tục kiểm tra lại được thực hiện theo quy định tại khoản 7 Điều này.