Điều 49. Giải quyết hồ sơ hoàn thuế

1. Xác định số thuế được hoàn:

a) Nguyên tắc xử lý khi cơ quan thuế xác định số thuế đủ điều kiện được hoàn khác số thuế người nộp thuế đề nghị hoàn:

a.1) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn lớn hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đủ điều kiện được hoàn;

a.2) Trường hợp số thuế đề nghị hoàn nhỏ hơn số thuế đủ điều kiện được hoàn thì người nộp thuế được hoàn bằng số thuế đề nghị hoàn.

b) Đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước:

Cơ quan thuế áp dụng quản lý rủi ro trong giải quyết hồ sơ hoàn thuế, xác định số thuế thuộc diện hoàn thuế trước. Hệ thống thông tin quản lý thuế rà soát, đối chiếu thông tin khai trên hồ sơ khai thuế của các kỳ tính thuế thuộc kỳ hoàn thuế của người nộp thuế với thông tin quản lý của cơ quan thuế và thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp (nếu có).

b.1) Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ, số tiền đề nghị hoàn thuế cần yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế, cơ quan thuế lập Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo mẫu số 01/TB-BSTT-NNT Phụ lục V ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo, người nộp thuế có trách nhiệm gửi văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu theo Thông báo của cơ quan thuế. Khoảng thời gian kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đến ngày cơ quan thuế nhận được văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế (hoặc hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế người nộp thuế không giải trình bổ sung) không tính trong thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế.

Hết thời hạn theo Thông báo của cơ quan thuế nhưng người nộp thuế không giải trình, bổ sung hồ sơ hoàn thuế hoặc có giải trình, bổ sung nhưng không chứng minh được số thuế đã khai là đúng thì cơ quan thuế ban hành Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế theo mẫu số 04/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 50 Thông tư này. Đối với số tiền đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện được hoàn hoặc không thuộc trường hợp yêu cầu giải trình bổ sung, cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại điểm b.3 khoản này.

b.2) Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định có một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế có rủi ro cao trong quản lý thuế thì cơ quan thuế ban hành Thông báo một phần số tiền đề nghị hoàn thuế trong hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo mẫu số 05/TB-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này gửi người nộp thuế.

Đối với một phần số tiền đề nghị hoàn thuế Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định không có rủi ro cao thì cơ quan thuế thực hiện theo quy định tại điểm b.1 và điểm b.3 khoản này.

b.3) Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định số tiền đề nghị hoàn thuế đủ điều kiện được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn thuế chưa đủ điều kiện được hoàn thuế thì cơ quan thuế ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo về việc số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế gửi cho người nộp thuế theo quy định tại Điều 50 Thông tư này.

Hệ thống thông tin quản lý thuế và công chức thuế xử lý hồ sơ hoàn thuế trong phạm vi hồ sơ, tài liệu, thông tin của người nộp thuế cung cấp quy định tại Điều 46 Thông tư này, cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế, thông tin của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cung cấp có liên quan đến người nộp thuế (nếu có), kết quả áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý thuế, bảo đảm theo đúng chức trách, nhiệm vụ, tuân thủ quy định của pháp luật về thuế có liên quan và pháp luật quản lý thuế. Nguời nộp thuế chịu trách nhiệm về tính chính xác, trung thực của các thông in đã kê khai, hồ sơ tài liệu gửi cho cơ quan thuế trước pháp luật.

c) Trường hợp hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế:

Cơ quan thuế căn cứ kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra thuế, kết luận hoặc quyết định xử lý vi phạm sau khi kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc Thông báo số tiền đề nghị hoàn không được hoàn thuế, số tiền đề nghị hoàn chưa đủ điều kiện được hoàn thuế gửi người nộp thuế theo quy định tại Điều 50 Thông tư này. Trường hợp kết quả kiểm tra tại biên bản kiểm tra thuế xác định người nộp thuế vừa có số tiền thuế đủ điều kiện hoàn vừa có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt bị truy thu thì cơ quan thuế ban hành Quyết định xử lý vi phạm và bù trừ số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế tại Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo mẫu số 02/QĐ-HT Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư này.

2. Xác định số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt còn phải nộp và còn nợ ngân sách nhà nước được bù trừ với số thuế được hoàn:

Cơ quan thuế giải quyết hồ sơ hoàn thuế thực hiện hoàn kiêm bù trừ với số tiền thuế, khoản thu khác, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp và tiền thuế nợ (sau đây gọi là tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ) để thực hiện bù trừ với số tiền thuế được hoàn của người nộp thuế theo quy định.

Tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ của người nộp thuế được bù trừ (không bao gồm tiền thuế nợ đang thực hiện thủ tục nộp dần theo quy định tại khoản 6 Điều 48 Luật Quản lý thuế), bao gồm:

a) Tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ được bù trừ  do cơ quan thuế quản lý trên Hệ thống thông tin quản lý thuế bao gồm cả tiền thuế nợ, tiền thuế phát sinh của mã số thuế nộp thay của người nộp thuế;

b) Tiền thuế nợ được bù trừ (trừ tiền phí, tiền lệ phí hải quan) do cơ quan hải quan cung cấp theo Quy chế trao đổi thông tin và phối hợp công tác giữa cơ quan hải quan và cơ quan thuế (nếu có);

c) Tiền thuế nợ được bù trừ theo văn bản đề nghị của các cơ quan, tổ chức được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước không do cơ quan thuế quản lý thu (cơ quan khác);

d) Trường hợp người nộp thuế có số thuế còn được hoàn tại trụ sở chính nhưng đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh, hoạt động kinh doanh thực hiện khai riêng theo quy định tại Điều 19 Thông tư này có số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ được bù trừ trên Hệ thống thông tin quản lý thuế thì cơ quan thuế phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp có nhiều khoản nợ thuộc diện bù trừ thì thứ tự bù trừ ưu tiên cho khoản bù trừ có hạn nộp xa nhất trước;

đ) Trường hợp đơn vị phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ của người nộp thuế tại trụ sở chính;

e) Trường hợp Ban quản lý dự án, tổ chức kinh tế mới có số thuế giá trị gia tăng còn được hoàn của dự án đầu tư thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ của người nộp thuế là chủ dự án đầu tư;

g) Trường hợp người nộp thuế có số thuế còn được hoàn đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn để nộp thay tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ cho người nộp thuế khác thì cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn và bù trừ với số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ của người nộp thuế khác sau khi đã bù trừ số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ của người nộp thuế theo trình tự quy định tại các điểm a, b, c và điểm d khoản này;

h) Cơ quan thuế chịu trách nhiệm về số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ trên Hệ thống thông tin quản lý thuế; cơ quan hải quan chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên hệ thống của cơ quan hải quan đã cung cấp cho cơ quan thuế và cơ quan khác (cơ quan, tổ chức được giao quản lý các khoản thu ngân sách nhà nước không do cơ quan thuế quản lý thu) chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ ngân sách nhà nước đề nghị cơ quan thuế bù trừ. Sau khi nhận được Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước theo quy định tại Điều 50 Thông tư này, người nộp thuế có vướng mắc về số tiền đã bù trừ với số tiền thuế được hoàn thì cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế, cơ quan hải quan, cơ quan khác đề nghị bù trừ nợ có trách nhiệm giải quyết vướng mắc cho người nộp thuế theo quy định tại điểm này.

Trường hợp số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ đã bù trừ cao hơn số tiền thuế phát sinh và số tiền thuế nợ thực tế thì được xác định là khoản nộp thừa. Cơ quan thuế, cơ quan hải quan và cơ quan khác đề nghị số tiền thuế phát sinh và tiền thuế nợ bù trừ xử lý theo quy định tại Thông tư này và pháp luật có liên quan;

i) Trường hợp người nộp thuế có đề nghị bù trừ giữa số thuế được hoàn với số thuế phát sinh của kỳ tính thuế tiếp theo thì cơ quan thuế thực hiện bù trừ theo văn bản đề nghị của người nộp thuế.